バイオインフォマティクス解析サーバー

バイオインフォマティクス解析サーバーは、次世代シークエンサーやマイクロアレイを用いた解析によって得られた膨大なデータを処理するための高性能なコンピューターです(Intel® Xeon® CPU 3.47 GHz×12コア、190 GBメモリ、40 TBハードディスク)。

ウェット研究者でも直感的に使用できるウェブツールと、コマンドベース(CUI)で複雑な情報処理が可能なコマンドラインツールが多数インストールされており、ウェット・ドライのいずれの研究者でも有効活用していただけます。

バイオインフォマティクス解析サーバーの各ツールの使用をご希望の方は、バイオインフォマティクス解析室・中林までご連絡下さい。

ウェブツール

ウェブブラウザ上で動作するバイオインフォマティクス解析ツールです。学内LANに接続された端末から、Internet ExplorerやSafariなどのウェブブラウザで開くだけで使用することができ、かつ高機能な解析が可能です。

コマンドラインツール

バイオインフォマティクス解析サーバには、ウェブベースのツールの他にコマンドベースのソフトウェアが使用できます。

Perl、Javaといった基本的なプログラミング環境と、以下のようなバイオインフォマティクス解析用ソフトウェアがインストールされています。学内LANに接続した端末からSSH接続して、これらのソフトウェアを使用することができます。アカウントの作成を希望する方はご連絡ください。

  • R/Bioconductor

    統計解析用ソフトウェア。Bioconductorに収録されたパッケージを用いることで、マイクロアレイデータの解析やChIP-seqデータの解析など、幅広い種類の実験データを取り扱うことが可能です。

  • Bowtie

    シーケンスデータのマッピング用ソフトウェア。シーケンスされた配列をゲノム上にマッピングし、SAM形式のファイルとして出力します。出力されたSAMファイルはその後の解析に使用します。

  • HOMER

    ChIP-seqデータ解析用ソフトウェア。ピーク同定やアノテーションなどChIP-seqデータの解析に使用します。付属のツール群を使ってピーク情報の可視化なども出来ます。

  • SICER

    ChIP-seqデータ解析ソフトウェア。ピーク同定などChIP-seqデータ解析に使用します。ユーザによりパラメータを細かく設定することが可能です。


その他


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